• Paradigma keilmuan yang dikembangkan oleh IAI Al-Qolam adalah “PTAI Riset Berbasis Pesantren”.
• Paradigma “PTAI riset berbasis pesantren” bertumpu kepada tiga konsep kunci, yaitu (1) institusionalisasi riset sebagai basis akademik, (2) paradigma integrasi-interkoneksi keilmuan, dan (3) integrasi dengan nilai-nilai pesantren dan aswaja. Tiga konsep kunci tersebut sama sekali tidak bisa dilihat sebagai tiga entitas yang berdiri sendiri, melainkan saling-berkait satu sama lain serta membentuk sebuah paradigma distingtif IAI Al-Qolam yang kemudian terkristalisasi menjadi visi “Menjadi Universitas Islam Riset Berbasis Pesantren Terbaik se Jawa Timur pada tahun 2030”.
• Konsep “institusionalisasi riset sebagai basis akademik”:

1. Konsep ini merupakan bentuk kesadaran secara institusional (institutional awareness) STAI Al-Qolam tentang arti penting riset itu sendiri bagi kebangkitan dan kemajuan sebuah peradaban. Sebab tolok ukur kejayaan suatu peradaban terletak pada kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi atau “spirit riset ilmiah” (the spirit of scientific inquiry).
2. Riset yang dimaksud dalam konteks paradigma “PTAI riset berbasis pesantren” ini riset yang berorientasi kepada tiga prinsip ilmu sosial profetik, yaitu humanisasi atau emansipasi (al-amr bi al-ma‘rūf), liberasi (al-nahy ‘an al-munkar), dan transendensi (al-īmān bi Allāh). Dengan orientasi tersebut, maka riset yang dilakukan oleh secara otomatis memiliki implikasi akademik dan praksis sekaligus. Secara akademik, riset bisa memberikan kontribusi bagi pengembangan ilmu dan pengetahuan, termasuk di dalamnya pengetahuan lokal (local knowledge) yang saat ini masih termarjinalisasi dalam arus besar wacana keilmuan dan tradisi akademik di perguruan tinggi. Sementara secara praksis, riset bisa mendorong transformasi sosial dalam konteks kehidupan masyarakat yang begitu kompleks dewasa ini. Implikasi akademik dan praksis ini juga tidak berdiri sendiri-sendiri, melainkan saling-berkait satu sama lain secara mutualistik.
3. Menempatkan riset sebagai basis akademik secara paradigmatik menuntut adanya rekonseptualisasi Tridharma Perguruan Tinggi (pengajaran, riset, dan pengabdian kepada masyarakat). Riset menjadi basis bagi dua pilar lainnya saling-berkait satu sama lain dalam suatu pola relasi yang sinergis-mutualistik. Artinya, pilar pengajaran dan pengabdian kepada masyarakat harus memanfaatkan hasil-hasil riset (research-based education and community service). Selain itu, agar bisa mengena dan menjawab kebutuhan sosial dan akademik, maka tema-tema riset seyogyanya beranjak dari permasalahan dalam pengajaran dan pengalaman dalam pengabdian kepada masyarakat.

• Konsep “paradigma integrasi-interkoneksi keilmuan”:

1. Secara ontologis, paradigma integrasi-interkoneksi keilmuan ini bertitik tolak dari asumsi ontologis bahwa suatu disiplin ilmu sama sekali tidak bisa berdiri sendiri tanpa merasa butuh bekerjasama dengan yang lainnya. Realitas kehidupan saat ini terlalu kompleks untuk bisa dijelaskan hanya oleh satu disiplin ilmu tertentu tanpa melibatkan disiplin ilmu lainnya. Asumsi ontologis seperti ini meniscayakan adanya prinsip bahwa antara berbagai disiplin ilmu (ilmu agama, ilmu sosial, ilmu alam, dan ilmu budaya), terjalin hubungan yang bercorak afirmatif, kompelentatif, klarifikatif, verifikatif, korektif, maupun transformatif. Hal ini karena setiap disiplin ilmu pada dasarnya memang memiliki batas demarkasi yang jelas, namun tidak kaku. Garis batas tersebut memiliki pori-pori, sehingga ia dapat merembes ke dalam disiplin ilmu lainnya dan begitu pula sebaliknya (semipermeable). Watak saling merembes seperti ini sebenarnya tidak hanya berada pada ranah epistemologi keilmuan semata, melainkan juga pada ranah yang lebih luas, seperti antara agama dan budaya lokal, antara peradaban Islam dan peradaban Barat, antara keislaman, keindonesiaan, dan kemodernan, antara PTAI, pesantren, dan masyarakat, dan begitu seterusnya.
2. Adanya watak saling merembes satu sama lain tersebut dikarenakan bahwa setiap disiplin ilmu pada prinsipnya memiliki sisi obyektif dan subyektif sekaligus. Sebuah teori, sebagai contoh, yang pada awalnya diyakini obyektif berdasarkan proses dan validitasnya. Namun, ia juga bisa menjadi subyektif ketika dikaitkan dengan subyektivitas sang penemu yang tidak akan pernah bisa bebas dari unsur-unsur subyektivitas dalam dirinya, atau juga ketika teori itu kemudian diyakini oleh orang atau kelompok lain sehingga menjelma menjadi keyakinan dan ideologi. Oleh karenanya, pergumulan antara sisi obyektif dan sisi subyektif tersebut harus disempurnakan menjadi intersubjective testability, yakni ketika semua komunitas keilmuan (community of researchers) dari berbagai disiplin keilmuan ikut bersama-sama berpartisipasi menguji tingkat kebenaran penafsiran dan pemaknaan data yang diperoleh sang penemu tadi. Dua watak (saling-merembes dan pergerakan dinamis sisi obyektif-subyektif-intersubyektif) di atas jelas meniscayakan adanya daya imajinasi yang kreatif (creative imajination) dari setiap ilmuwan. Artinya, seorang ilmuwan tak boleh berhenti untuk berpikir kritis, mempertanyakan, dan meramu ulang suatu disiplin ilmu tertentu, serta mendialogkannya dengan disiplin ilmu lain. Dengan begitu, setiap disiplin ilmu bisa selalu releban dengan realitas kehidupan yang semakin kompleks saat ini.
3. Berdasarkan asumsi ontologis di atas, maka paradigma “PTAI riset berbasis pesantren” IAI Al-Qolam secara epistemologis bertumpu kepada “gerakan penyatuan” (rapproachment) atau “reintegrasi epistemologi keilmuan”, baik yang terkait dengan sumber dan asal-usul (origins), cara (methods), dan tolok ukur kebenaran (validities) suatu pengetahuan. Terkait dengan sumber, asumsi dasar dari gerakan ini adalah pengakuan secara berimbang terhadap dua sumber pengetahuan, yaitu (1) pengetahuan yang berasal dari Tuhan (wahyu) dan (2) pengetahuan yang berasal dari manusia. Pengetahuan yang berasal dari Tuhan (wahyu) berwujud teks-teks Alqur’an dan al-Sunnah, sementara pengetahuan yang berasal dari manusia berwujud hasil penalaran akal, baik yang bersifat filosofis, empiris, maupun kontemplatif-intuitif. Reintegrasi epistemologi keilmuan yang biasa diistilahkan dengan “teoantroposentris” tersebut menghendaki adanya perubahan horison berpikir dari pola “diferensiasi” yang cenderung memisahkan antara agama dan sektor-sektor kehidupan lain, termasuk antara agama dan ilmu, menuju pola “dediferensiasi” yang menghendaki sebaliknya.
4. Dalam hal tolok ukur kebenaran (validity), paradigma “PTAI riset berbasis pesantren” IAI Al-Qolam juga tidak berpaling dari gagasan reintegrasi epistemologi keilmuan. Paradigma “PTAI riset berbasis pesantren” mempertautkan secara sinergis-mutualistik tiga nalar epistemologi dalam tradisi pemikiran Islam, yaitu (1) nalar epistemologi bayānī yang bersumber kepada teks serta bergantung kepada kedekatan antara teks wahyu (nash) dan realitas, (2) nalar epistemologi burhānī yang bersumber kepada realitas (alam, sosial, humanitas, maupun keagamaan) serta bertitik tekan pada pada penalaran logis, dan (3) nalar epistemologi ‘irfānī yang bersumber kepada pengalaman langsung (direct experience) serta bertumpu kepada penghayatan dan internalisasi social skills (empati, simpati, toleransi, verstehen). Meskipun sejarah pemikiran Islam telah mencatat konflik yang panjang di antara ketiga model nalar epistemologis tadi, gagasan reintegrasi epistemologi keilmuan justru beroreintasi untuk mengakurkan ketiganya, dengan asumsi dasar bahwa ketiganya sebenarnya memiliki keterbatasan masing-masing sehingga saling membutuhkan satu sama lain. Pandangan tentang tolok ukur kebenaran seperti ini berarti meneguhkan sebuah pola pemikiran keagamaan yang bersifat relatively absolute. Cara pandang tersebut menggambarkan sebuah konsepsi tentang kebenaran pemahaman keagamaan yang tetap bergelayut kepada otoritas wahyu yang bersifat absolut seraya mengakui dengan lapang hati adanya potensi kelemahan dan kesalahan yang inheren dalam penafsiran.
5. Toloh ukur kebenaran tidak hanya berkaitan dengan status “benar” dan “salah” semata, melainkan juga dengan implikasi dan konsekuensi dari sebuah pendapat seseorang atau kelompok, baik secara sosial, politik, ekonomi, maupun budaya. Tolok ukur yang terkait dengan implikasi dan konsekuensi tersebut diistilahkan dengan prinsip “analisis dampak” (i‘tibār al-ma‘āl) melalui analisis sosiologis antara dampak positif (mashlahah) dan dampak negatif (mafsadah), dari suatu benda ataupun perbuatan. Logikanya, sekuat apapun argumen tekstual atau muatan kemaslahatannya, jika bisa membawa implikasi yang negatif secara sosial, politik, ekonomi, dan budaya, maka sebuah pendapat ataupun tindakan tertentu tidak absah untuk disebut “benar”.
6. Secara metodologis seluruh kegiatan pembelajaran, riset, dan pengabdian kepada masyarakat yang dicanangkan oleh IAI Al-Qolam dengan paradigma “PTAI riset berbasis pesantren” lebih banyak bertumpu kepada pendekatan interdisipliner (interdisciplinary approach). Studi Islam dengan pendekatan interdisipliner harus melibatkan dengan serius tiga matra pendekatan sekaligus, yaitu (1) pendekatan linguistik-historis (linguistic-historical approach), (2) pendekatan teologis-filosofis (theological-philosophical approach), dan (3) pendekatan sosio-antropologis (socio-anthropological approach)—termasuk juga pendekatan ilmu sosial kritis. Hubungan antara tiga matra pendekatan tersebut harus bersifat “sirkular”—tidak semata-mata “paralel”. Artinya, ketiganya harus berdialog dan bekerjasama antara satu dan yang lain sebagai tiga entitas yang berkait satu sama lain dalam kapasitasnya sebagai sebuah alat analisis yang terpadu (unified tools of analysis).

• Konsep “integrasi dengan nilai-nilai pesantren dan aswaja”:

1. Istilah “pesantren” tidak dipahami sebagai lembaga, melainkan sebagai sebuah “tradisi agung” (great tradition) yang mencerminkan keislaman sekaligus keaslian Nusantara (indigenous) yang turut membentuk nilai-nilai luhur masyarakat Indonesia sejak masa Islamisasi paling awal (Wali Songo) hingga saat ini. Pemaknaan pesantren seperti ini sebenarnya berjangkar kuat kepada dimensi historis pesantren sendiri sebagai motor penggerak gerakan Islamisasi secara masif di Nusantara, terutama di Sumatera dan Jawa, sejak abad ke-13 hingga abad ke-14 (era Walisongo). Gerakan Islamisasi secara masif yang dimotori oleh Walisongo ketika itu dilakukan dengan apa yang dalam ilmu gerakan sosial modern disebut dengan “strategi kebudayaan” yang bertumpu kepada (1) akumulasi pengetahuan, (2) akumulasi ekonomi, (3) akumulasi politik, dan (4) akumulasi modal-budaya. Kombinasi akumulatif empat pilar strategi kebudayaan itulah yang membuat gerakan Islamisasi oleh Walisongo tidak hanya berhasil menjadikan Islam sebagai agama mayoritas di Nusantara, tetapi pada saat yang bersamaan juga berhasil membangun identitas kebudayaan Islam namun berakar kuat pada tradisi lokal.
2. Dari pesantren sebagai “tradisi agung” ini pula lahir nilai-nilai luhur pesantren dan aswaja (ahl al-sunnah wa al-jamā‘ah (aswaja) yang berpengaruh besar dalam membentuk karakter bangsa ini. Nilai-nilai luhur tersebut tercakup dalam cara berpikir, cara bersikap, dan cara berperilaku, baik dalam konteks kehidupan personal, interaksi sosial, maupun visi kebangsaan. Sebut, saja, misalnya kecintaan terhadap ilmu, kepercayaan kepada berkah, keikhlasan, kerendah-hatian, kesederhanaan, kemandirian, kerelaan untuk menderita untuk mencapai tujuan (tirakat), penghormatan kepada orang tua dan guru, persaudaraan, kebersamaan, kesetiakawanan, kesediaan berkorban untuk orang lain, dan sebagainya. Sementara dalam konteks visi kebangsaan, “tradisi agung” pesantren mewariskan prinsip-prinsip aswaja, yaitu tawassuth (moderat), i‘tidāl (proporsional), tawāzun (seimbang), tasāmuh (toleran), rahamatan li al-‘ālamīn (menebar rahmat kepada seluruh alam semesta), dan amar ma‘ruf nahi munkar (menegakkan kebenaran dan memberantas kebatilan)